Pese a tal impactante y enorme noticia, Contador prosiguió su preparación íntegra para el Tour de Francia, su principal objetivo.Como ya había hecho años anteriores, para hacer la clásica preparación del Tour, Contador acudió a la Vuelta al Algarve. El de Pinto, pese a sufrir momentos de profunda crisis en el "sterrato" de la penúltima etapa, camino de la Colle delle Finestre, se proclamó campeón por segunda vez del Giro de Italia, igualando a Miguel Induráin en cuanto a rondas italianas y en cuanto a grandes vueltas ganadas.​​ Sobre el final, lanzó su ataque para llevarse la segunda etapa personal y donde prácticamente sentenció la carrera.​ A falta de menos de un kilómetro, el jersey rojo, dejó atrás al británico para anotarse la primera etapa y ampliar las diferencias en la general a más de minuto y medio sobre Valverde y el propio Froome.​ La segunda estocada fue en la 20.ª etapa, con final en el puerto de Ancares.

Ciclismo profesional

• El día 8 de junio se anunció que Contador retornaría al Team Saxo Bank-Tinkoff Bank tras el final de su suspensión, firmando un contrato que le vincularía al equipo hasta 2015.​
• El 13 de septiembre de 2008, quedó 1.º en la 13.ª etapa de la Vuelta a España, con final en el Alto de Angliru, colocándose líder de la carrera.
• En la última etapa clave lanzó un ataque desde el puerto de Télégraphe, junto a Andy Schleck, pero fueron neutralizados antes de comenzar la definitiva ascensión al mítico Alpe d’Huez.
• En la 17.ª etapa con final en el Alto de los Machucos, Alberto Contador atacó a 5 km de la meta, llevándose a rueda a Miguel Ángel López, al que rápidamente soltó.

Descubrió su afición al ciclismo con 12 años gracias a Fran, el mayor de sus hermanos, del cual tomaba prestada su bicicleta de mountain-bike. Es el primer corredor español que ha conseguido ganar las tres Grandes Vueltas por etapas (Giro de Italia, Tour de Francia y Vuelta a España), hazaña que solo han conseguido los franceses Jacques Anquetil y Bernard Hinault, los italianos Felice Gimondi y Vincenzo Nibali, el belga Eddy Merckx y el británico Chris Froome. El resto de la directiva durará (2) dos años en sus funciones.​ El presidente del Congreso Nacional ejercerá sus funciones por un período de (4) cuatro años y será el presidente de la Comisión Permanente. A partir de esta temporada, los equipos de la Fundación usarán esta bicicleta.​

Etapa post-sanción

La concentración de clembuterol hallada en la muestra fue de 50 picogramos por mililitro.​ Contador, que ya había dado por concluida su temporada, fue suspendido de forma provisional por la UCI el 8 de noviembre de ese año.​ El ciclista apareció inmediatamente ante los medios y atribuyó el positivo a una intoxicación alimentaria por ingerir carne de ganado engordado ilegalmente.​ Tras conquistar su tercer Tour, el madrileño rechazó la oferta de renovación que le ofreció Astana para prolongar su contrato a pesar de que en pleno Tour declarase que probablemente seguiría en el conjunto kazajo.El ciclista madrileño anunció el 3 de agosto de 2010 su fichaje por el equipo de Bjarne Riis, el Saxo Bank-Sungard por las temporadas 2011 y 2012. El 14 de marzo de 2010 se proclamó vencedor de la París-Niza, por delante de los españoles Alejandro Valverde y Luis León Sánchez.​​

Premios

Después de la 20.º etapa, una contrarreloj individual desde la Granja de San Ildefonso hasta el Alto de Navacerrada, en Madrid, Alberto Contador se convirtió en el virtual ganador de la ronda española, con una ventaja de 46 segundos sobre su compañero de equipo Levi Leipheimer gracias a las bonificaciones, ya que si no hubiera sido por éstas, habrían quedado empatados a tiempo. Dos meses después, se hizo con la victoria en la Setmana Catalana, su primera general, ganando la etapa reina.​ También destacó en la Vuelta al País Vasco, donde ganó la contrarreloj y fue tercero en la clasificación general, y en el Tour de Romandía, donde venció en la cuarta etapa y fue cuarto en la general a tan solo cuatro segundos del podio.​ En ese segundo curso como aficionado, demostró su polivalencia y potencial firmando siete conquistas, entre ellas dos etapas de la Vuelta a Palencia (una de ellas fue una contrarreloj de 28,7 km) y el Campeonato de España sub-23 contrarreloj (el año anterior había sido bronce).​​

Regresó a la competición en 2005 y, ya en la primera carrera, el Tour Down Under, en Australia, consiguió su primera victoria de la temporada en la etapa reina (etapa 5).​ En su primer año como aficionado Contador sumó un triunfo, la Subida a Gorla, donde batió por tres segundos el récord de la prueba.​​​​ También pudo hacerse con la victoria en la Subida a Urraki, pero prefirió cedérsela a su amigo Jesús, con quien compartía piso en País Vasco.​​ Como homenaje, la organización de la Vuelta le dio el dorsal número uno de la carrera.​​ Dos días después, en la tercera etapa, que acababa en Andorra la Vieja, Alberto Contador perdió 2’33" debido a que no le iban las piernas.​ Aun así, Contador quedó 8.º en la etapa y se volvió a llevar el premio de la combatividad.​​ En la crono de Marsella, la 20.ª etapa, Alberto hizo una gran crono quedando sexto en la etapa.​​ El Tour acabó al día siguiente quedando 9.º en la clasificación general y ofreciendo un gran espectáculo.​

El proyecto cuenta con equipo de ciclismo en categoría UCI ProTeam (EOLO-KOMETA Cycling Team), júnior y sub-23, y una escuela de ciclismo. En el año 2013 Alberto y su hermano Fran Contador lanzaron la Fundación Alberto Contador, un proyecto cuyos objetivos son fomentar el ciclismo y concienciar a la población de las características del ictus.​ A partir de ahí empezó una aventura en solitario que acabó a lo grande, con una victoria de etapa​ sufrida pero más que merecida después de la gran Vuelta que había hecho. En la subida, tuvo la gran ayuda de su pupilo, Enric Mas, que pasó por su equipo de futuros corredores.​​ A falta de 4,5 km soltó al último que le consiguió aguantar la rueda, a Marc Soler. Alberto llegó a meta junto a Froome.​ En la 19.ª etapa con final en Gijón volvió a atacar, aunque finalmente le pilló el pelotón.

Contador seguiría 2 años más en el ciclismo profesional por lo menos, según lo que él anunciaba. Contador empezó el Tour terminando en la posición 46.ª en la primera etapa, una contrarreloj individual en Utrecht, a 58 segundos del ganador de la etapa Rohan Dennis. Según declaró, las primeras etapas se le hicieron muy difíciles, sobre todo el primer final en alto de Cumbres Verdes (6.ª etapa), aunque no perdió tiempo con ningún favorito y en la general se encontraba 3.º al final de esa etapa por detrás de los dos Movistar, Valverde y meson de la torre Quintana. Menos de un mes después, ganó la Tirreno-Adriático, donde además se quedó con dos etapas; la 4.ª, etapa en la que superó al colombiano Nairo Quintana, situándose 2.º en la general y la 5.ª, con final en el Muro di Guardiagrele, donde atacó a 32 km del final, en el Passo Lanciano. En 2013 comienza otra vez en el Tour de San Luis (Argentina) donde ya logra la victoria en la 6.ª etapa con final en el Mirador del Sol.

Se presentó a la crono final con tan solo 4 segundos de ventaja sobre el segundo de la general, Riccardo Ricco. En octubre de 2007 firmó por el equipo Astana, lo que le impidió defender su título de ganador del Tour, ya que la organización de dicho evento decidió vetar al equipo kazajo para su edición de 2008.​ El 28 de julio de 2007, el diario galo Le Monde relacionó a Contador con el dopaje a raíz de que su nombre apareciera en 2006 en el sumario de la Operación Puerto, a pesar de que en ningún momento y hasta ahora haya sido firmemente imputado, ya que únicamente declaró como testigo, al igual que otros ciclistas, como Isidro Nozal y Joseba Beloki.​​​ El presidente de la sociedad organizadora del Tour de Francia, Patrice Clerc, no entró a valorar la información de Le Monde.​​ La temporada de 2007 supuso su confirmación como ciclista al más alto nivel en el pelotón internacional. Dos meses antes del Tour de Francia, Contador, junto al de otros presuntos implicados como Jan Ullrich, Ivan Basso, Óscar Sevilla y Paco Mancebo, apareció en la denominada "Operación Puerto" (operación contra el dopaje en el deporte de élite) desarrollada por la Guardia Civil Española. Un mes y medio después, en junio, selló la octava jornada de la Vuelta a Suiza.​​